El programa de doctorado tiene tres Líneas de Generación y Aplicación del Conocimiento (LGAC):

• Análisis Económico y Políticas Públicas

• Desarrollo Local y Regional

• Problemas Sociales

Cada Línea de Generación y Aplicación del Conocimiento (LGAC) tiene al menos tres profesores adscritos y los cuales colaboran en elevar la producción académica de cada una. El siguiente cuadro muestra dicha vinculación:

A continuación, se describen las LGAC:

• Análisis Económico y Políticas Públicas: estudios teóricos sobre problemas actuales de la económica pública tales como distribución del ingreso, federalismo fiscal, incidencia impositiva, equidad y utilización eficiente de los recursos públicos, así como crecimiento y desarrollo económico. Adicionalmente,      investigaciones en torno a métodos de diseño y evaluación de políticas públicas que buscan solucionar problemas de inclusión social.
• Desarrollo Local y Regional: investigaciones referentes a problemas teóricos o de aplicación que buscan solucionar problemas de desarrollo y eliminación de diferencias inter- e intrarregionales; políticas para el desarrollo local; Desarrollo sostenible y sustentable; formulación y evaluación de proyectos públicos y privados para el desarrollo local; emprendimiento, gestión y desarrollo empresarial.
• Problemas Sociales: investigaciones sobre causas y efectos de la migración interna y externa; estudios sobre delincuencia y su impacto socioeconómico; relaciones de la esfera económica y la esfera pública con la problemática social.